مجمع تشخیص مصلحت نظام با حکم امام خمینی(ره) در هفدهم بهمن ماه سال ۱۳۶۶ با استفاده از پشتوانه ولایت فقیه و بدون ذکر آن در قانون اساسی به وجود آمد و وظیفه آن به رفع اختلافات میان مجلس و شورای نگهبان محدود بود. امام خمینی(ره) در چهارم اردیبهشت ماه سال ۱۳۶۸ فرمانی مبنی بر بازنگری در قانون اساسی و تشکیل شورای آن را صادر کرده و از جمله مسائل مطرح در شورای بازنگری را «مجمع تشخیص مصلحت برای حل معضلات نظام و مشورت رهبری به صورتی که قدرتی در عرض قوای دیگر نباشد» اعلام فرمودند.