هرساله با سرد شدن هوا و ورود پرندگان غیربومی به تالاب میقان احتمال انتقال و شیوع بیماری آنفلوانزای فوق حاد پرندگان افزایش می‌یابد. پایش و کنترل تالاب میقان به عنوان یکی از کانون‌های شیوع بیماری حائز اهمیت است. تعدادی پرنده در سطح تالاب بی‌جان افتاده‌اند و تعدادی نیز رمقی برای حرکت ندارند و همین می‌تواند زنگ خطری برای تالاب میقان باشد. تالاب میقان به عنوان یکی از مهمترین زیستگاه‌های آبی شهرستان اراک است.