پس از درگذشت اکبر هاشمی‌رفسنجانی بیش از دو سال است که ریاست جلسات مجمع تشخیص مصلحت نظام دست به دست می‌شود. از محمدعلی موحدی‌کرمانی گرفته تا هاشمی‌شاهرودی و حالا احمد جنتی در این دو سال بر کرسی ریاست مجمع نشسته‌اند.
از ۱۹ دی ۹۵ که آیت‌الله هاشمی‌رفسنجانی دار فانی را وداع گفت مجمع تشخیص مصلحت نظام نتوانست یک رئیس دائمی به خود ببیند. پس از درگذشت هاشمی‌رفسنجانی که ۲۷ سال ریاست این نهاد مهم نظام جمهوری اسلامی را به عهده داشت آیت‌الله محمدعلی موحدی‌کرمانی از ۱۲ بهمن ۹۵ تا ۲۳ مرداد ۹۶ به صورت موقت ریاست جلسات مجمع را بر عهده گرفت. در ۲۳ مرداد ۹۶ اعضای دوره هفتم مجمع تشخیص مصلحت نظام از سوی رهبر انقلاب اسلامی منصوب شدند و ریاست مجمع به آیت‌الله سید محمود هاشمی‌شاهرودی رسید.
اما با شدت گرفتن بیماری آیت الله هاشمی‌شاهرودی و معالجات طولانی او باز هم جلسات مجمع در مواقعی به ریاست موحدی‌کرمانی برگزار شد. شاهرودی آخرین بار در ۱۶ تیر ۹۷ به عنوان رئیس پا به جلسات مجمع گذاشت و از آن روز به بعد دیگر در جلسات مجمع شرکت نکرده است.
در جلسه ۱۶ تیر به ریاست هاشمی‌شاهرودی، لایحه پیوستن دولت جمهوری اسلامی ایران به پیمان مودت و همکاری در جنوب شرقی آسیا موسوم به "آ. سِ. آن. "، مصوب مجلس شورای اسلامی که پس از ایراد شورای نگهبان و اصرار مجدد مجلس، به منظور تعیین تکلیف نهایی به مجمع ارجاع شده بود مورد بحث و بررسی قرار گرفت و در نهایت با رای اعضای مجمع تشخیص مصلحت نظام، مصوبه مجلس شورای اسلامی تایید شد. همچنین در این جلسه طرح تمدید مهلت جذب اعتبارات تملک دارایی‌های سرمایه‌ای سال ۱۳۹۶، که از سوی شورای نگهبان مغایر اصل ۵۲ قانون اساسی شناخته شده بود پس از طرح و ارائه پیشنهادهای اصلاحی، برای بررسی بیشتر به کمیسیون اقتصادی مجمع ارجاع شد.
پس از آن، جلسات ۳۰ تیر، ۱۳ مرداد، ۲۴ شهریور، ۷ مهر، ۳۱ مهر، ۵ آبان و ۱۹ آبان به ریاست موحدی‌کرمانی برگزار شد و رئیس جلسه اخیر مجمع در ۲۴ آذر هم آیت‌الله احمد جنتی بود. جلسات مجمع معمولا هر دو هفته یک بار در روزهای شنبه تشکیل می‌شود اما فاصله ۲۵ روزه بین جلسه ۱۹ آبان تا جلسه اخیر در ۲۴ آذر باز هم شایعاتی را مبنی بر وخامت حال جسمی هاشمی‌شاهرودی به راه انداخت. آخرین اقدام رئیس غایب مجمع پیام تسلیتی بود که در ۲۵ آبان پس از درگذشت نوربخش مدیرعامل سازمان تامین اجتماعی از سوی او صادر شد. پس از آن هاشمی‌شاهرودی در سکوت محض خبری بوده و در هیچ جلسه و نشست عمومی دیده نشده است.
همین موضوع و البته بررسی قانون مبارزه با پولشویی در مجمع باعث شد که محسن رضایی دبیر مجمع تشخیص مصلحت نظام شنبه ۲۴ آذر؛ در یک نشست خبری با تکذیب شایعات مربوط به سلامت آیت‌الله هاشمی‌شاهرودی به توضیحاتی درباره علت غیبت رئیس مجمع بپردازد.
محسن رضایی در این نشست خبری که بعد از جلسه اخیر مجمع برگزار شد درباره دلیل عدم حضور رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام در جلسات این مجمع اظهار کرد: حدود شش - هفت ماه است که شایعات زیادی در فضای مجازی در مورد سلامت آیت‌الله هاشمی‌شاهرودی مطرح است که ما همه شایعات را تکذیب می‌کنیم. با توصیه پزشک ایشان باید در صحبت کردن مراعات کنند و تا زمان بهبود و بازگشت ایشان، توصیه پزشکان را رعایت می‌کنیم. ایشان در حال مداوا و درمان هستند و در راس مجمع با حضور آیت‌الله موحدی‌کرمانی و آیت‌الله جنتی خلاء ایشان را پر می‌کنیم.
در جلسه اخیر مجمع به ریاست آیت‌الله جنتی لایحه اصلاح قانون پولشویی اختلافی بین مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان مورد بحث قرار گرفت که در این نشست ماده یک لایحه مذکور که مغایرت آن با سیاست‌های کلی اقتصاد مقاومتی از سوی هیات عالی نظارت اعلام و توسط شورای نگهبان به مجلس ارجاع شده بود پس از اصرار مجلس به منظور تعیین مصلحت مطرح شد و پس از ارائه دیدگاه‌های مجلس شورای اسلامی، شورای نگهبان و وازرتخانه‌های اقتصاد، نفت و بهداشت، اعضای مجمع تشخیص مصلحت نظام نظرات مخالف و موافق خود را بیان کردند و در نهایت با رأی بیش از دوسوم اعضا نظر هیأت عالی نظارت تصویب شد و مقرر گردید مصوبه مجلس در خصوص این بند اصلاح شود. ادامه بررسی این لایحه به جلسات آتی مجمع موکول شد.
در همین زمینه دبیر مجمع تشخیص مصلحت نظام در نشست خبری خود با ارائه توضیحاتی درباره اختلاف مجلس شورای اسلامی و هیات عالی نظارت مجمع بر سر قانون مبارزه با پولشویی، گفت: بحث‌های روز مجمع مربوط به اصلاح قانون پولشویی کشور است که بررسی آن از امروز شروع شده و احتمالا یک یا دو جلسه دیگر مجمع را به خود اختصاص می‌دهد.
وی در توضیح چیستی قانون مبارزه با پولشویی تصریح کرد: این قانون حدود ۱۰ سال است که تصویب و اجرایی شده است. تلاش خوبی هم از سوی دولت و مجلس در راستای اجرایی شدن این قانون صورت گرفته و تا امروز جمهوری اسلامی ایران از قانون مبارزه با پولشویی برخوردار بوده است. این که عده‌ای گفته‌اند در جمهوری اسلامی ایران قانون مبارزه با پولشویی وجود ندارد، خلاف است. جمهوری اسلامی این قانون را داشته و بر اساس آن هم دولت و هم قوه قضاییه این قانون را اجرایی می‌کردند. گزارش‌هایی در این رابطه به آنها می‌رسیده که جلوی برخی از آنها را گرفته‌اند، برخی ترغیب شدند و متوجه شدند که چیزی نبوده است. اما دولت و مجلس فهمیده‌اند ضعف‌هایی در این قانون وجود دارد، بنابراین با اصلاحاتی لایحه را به مجلس ارائه دادند. ما در هیات عالی نظارت مواردی را که مغایرت با سیاست‌های کلان کشور داشت را تشخیص دادیم و به شورای نگهبان ارسال کردیم. شورای نگهبان بر اساس وظایف قانونی خود که قوانین کشور را با قانون اساسی و شرع مقدس اسلام تطبیق می‌دهد نظر خود را اعلام کرده است.
دبیر مجمع تشخیص مصلحت نظام در ادامه خاطر نشان کرد: از آنجایی که در بند دو اصل ۱۱۰ قانون اساسی نظارت بر حسن اجرای سیاست‌های کلی از وظایف و اختیارات رهبری است و ایشان هم این وظیفه را به مجمع تشخیص تنفیذ کردند و مجمع نیز این وظیفه را به عهده هیات عالی نظارت گذاشته است هیات عالی نظارت این موضوع را پیگیری می‌کند. بر اساس قانون شورای نگهبان در نامه‌ای مغایرت‌ها را با قانون اساسی اعلام می‌کند. تاکنون این طور بوده که مجلس با هیات عالی نظارت ارتباط می‌گرفته و موارد مغایر را اصلاح می‌کردند و ما هم به شورای نگهبان اعلام می‌کردیم که این موارد اصلاح شده است. اما این اولین بار بود که مجلس محترم بر نظرات خودش طبق نامه‌ای که رئیس محترم مجلس برای ما فرستادند، اصرار کردند. بنابراین وظیفه‌مان بود که به عنوان تشخیص مصلحت، بنشینیم و این ایراداتی که هیات عالی نظارت گرفته بود را این بار در صحن مجمع از بعد مصلحت ببینیم که آیا اصرار مجلس درست است یا ما باید بر اساس همان نظر هیات عالی نظارت عمل کنیم. این بحث را آغاز کردیم که ماده یک قانون پولشویی باید اصلاح شود. مجلس شورای اسلامی در ماده یک باید از نظر خود برگردد. ماده یک درباره منشاء جرم است که در لایحه دولت هم نبوده و مجلس بعدا آن را اضافه کرده بود.
وی تشریح کرد که عنوان مصوبه بررسی‌شده در مجمع تشخیص مصلحت نظام لایحه اصلاح قانون پولشویی در کشور بوده و افزود: این قانون داخلی است و به قانون مبارزه با پولشویی که در خارج طرح شده ربطی ندارد و قانون مبارزه با پولشویی که در مجمع تشخیص مصلحت نظام بررسی می‌شود نه به CFT و نه به پالرمو ربطی ندارد. در حال حاضر نمی‌توانیم درباره‌ی CFT اظهار نظر کنیم. مصوبه مجلس در این زمینه به دست ما نرسیده است؛ اما مطمئن باشید مجمع تشخیص مصلحت نظام از منافع ملی نخواهد گذشت.
به گفته رضایی قانونی که در جلسه روز شنبه مجمع بررسی شده داخلی بوده و ربطی به FATF ، CFT و پالرمو ندارد، اما به هر حال لوایح مبارزه با پولشویی از جمله قوانینی است که با تصویب آن در مجلس شورای اسلامی موحدی‌کرمانی و احمد جنتی که فعلا در غیاب هاشمی‌شاهرودی ریاست جلسات مجمع تشخیص را بر عهده دارند مواضعی را علیه آن اتخاذ کرده‌اند و با این مواضع روسای فعلی مجمع، مشخص نیست سرنوشت این لوایح در مجمع به کجا خواهد انجامید.
اما پس از درگذشت هاشمی‌رفسنجانی و با ورود مجمع تشخیص مصلحت به برخی مباحث، از سوی برخی منتقدین این سوال به وجود آمده که حدود اختیارات مجمع تا کجاست؟ طبق قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران وظایف مجمع تشخیص مصلحت نظام به شرح زیر است: ۱-ارائه مشاوره به مقام معظم رهبری در تعیین سیاست‌های کلی نظام (به استناد بند ۱ اصل ۱۱۰ قانون اساسی)، ۲- پیشنهاد چگونگی حل معضلات نظام که از طریق عادی قابل حل نیست به مقام معظم رهبری (به استناد بند ۸ اصل ۱۱۰ قانون اساسی)، ۳- تشخیص مصلحت در مواردی که مصوبه مجلس شورای اسلامی را شورای نگهبان خلاف موازین شرع و یا قانون اساسی بداند (به استناد اصل ۱۱۲ قانون اساسی)، ۴- مشاوره در اموری که مقام رهبری به مجمع ارجاع می‌دهد (به استناد اصل ۱۱۲ قانون اساسی)، ۵- نظارت بر حسن اجرای سیاست‌های کلی نظام (به استناد نامه مورخ ۱۷ فروردین ۱۳۷۷ مقام معظم رهبری)، ۶- مشاور رهبری در موارد اصلاح یا تتمیم قانون اساسی (به استناد اصل ۱۷۷ قانون اساسی)، ۷- عضویت در شورای بازنگری قانون اساسی {اعضای ثابت مجمع} (به استناد اصل ۱۷۷ قانون اساسی)، ۸- انتخاب یکی از فقهای شورای نگهبان برای عضویت در شورای موقت رهبری (به استناد اصل ۱۱۱ قانون اساسی)، ۹- تصویب برخی از وظایف رهبری برای اجراء توسط شورای موقت رهبری (به استناد اصل ۱۱۱ قانون اساسی)، ۱۰-انتخاب جایگزین هر یک از اعضای شورای موقت رهبری در صورت عدم توانایی انجام وظایف (به استناد اصل ۱۱۱ قانون اساسی)، ۱۱- پیشنهاد چگونگی اتخاذ تصمیم شورای موقت رهبری در مورد وظایف مصرح در بندهای اصل یکصدودهم که در اصل یکصدویازدهم تصریح گردیده است.
آیین‌نامه داخلی مجمع تشخیص مصلحت نظام اولین بار در چهارم اسفندماه سال ۱۳۶۶ در ۱۰ ماده تنظیم شده بود که با توجه به تغییراتی که در ماموریت و کارکردهای این نهاد مشورتی و تصمیم‌گیری ایجاد شده، دو بار تغییر کرد. مجمع، آیین‌نامه داخلی خود را در دوم آبان ۱۳۶۸ مورد بررسی مجدد قرار داد و پس از تغییرات و اضافه کردن موادی به آن، ویرایش جدید آیین‌نامه مجمع را به تصویب رساند که مقام معظم رهبری حضرت آیت‌الله خامنه‌ای هم آن را تایید کردند. مجمع برای بار دوم در سوم آبان ماه ۱۳۷۶ آیین‌نامه را مورد بررسی مجدد قرار داد که با ۳۵ ماده تصویب شد و به تایید مقام معظم رهبری رسید.
متن کامل آیین‌نامه داخلی مجمع تشخیص مصلحت نظام در جلسات ۲۶مرداد، ۳۰دی و ۱۴ بهمن ۱۳۹۲ مورد بازنگری و اصلاح قرار گرفت به تصویب رسید دارای چهار فصل کلیات (مواد ۱ تا ۳)، کمیسیون‌های دائمی، کمیسیون‌های خاص، چگونگی تشکیل و طرز کار (مواد ۴ تا ۱۸)، شورای مجمع، حد نصاب، چگونگی تشکیل جلسات و طرز کار (مواد ۱۹ تا ۳۰) و دبیرخانه مجمع (مواد ۳۱ تا ۳۵) است.
ارکان اصلی مجمع را این پنج بخش تشکیل می‌دهند: ۱- صحن، ۲- هیات عالی نظارت، ۳- دبیرخانه، ۴- مرکز تحقیقات استراتژیک، ۵- کمیسیون‌ها (طبق ماده ۴ آیین‌نامه داخلی مجمع، به منظور فراهم آوردن اطلاعات دقیق مربوط به مباحث و مسائلی که در مجمع مطرح می‌شوند و آماده‌سازی آنها برای تصمیم‌گیری و نیز بهره‌گیری کامل از آخرین فرآورده‌های کارشناسی دستگاه‌های مسئول دولتی و استفاده از تحقیقات کاربردی، توسعه‌ای و بنیادی موسسات پژوهشی کشور، کمیسیون‌های تخصصی دائمی و نیز کمیسیون‌های خاص مرکب از اعضاء تشکیل می‌شوند. تبصره- کمیسیون‌ها می‌توانند در صورت نیاز کمیسیون‌های فرعی مرکب از چند تن از اعضای خود، تشکیل دهند. طبق ماده ۵، کمیسیون‌های تخصصی دائمی عبارتند از: ۱-کمیسیون‌های علمی، فرهنگی و اجتماعی، ۲-کمیسیون سیاسی، دفاعی و امنیتی، ۳-کمیسیون زیربنایی و تولیدی، ۴-کمیسیون اقتصاد کلان، بازرگانی و اداری، ۵-کمیسیون حقوقی وقضائی).
دوره نخست مجمع که سال ۱۳۶۶ شکل گرفت و تا ۱۳۶۸ ادامه داشت با فرمان امام خمینی (ره) آغاز شد. جنگ تحمیلی و وضعیت خاص سیاسی و اجرایی کشور از شرایطی بود که بر فعالیت‌های مجمع هم تاثیر داشت. اعضای مجمع که ریاست آن را آیت‌الله خامنه‌ای عهده‌دار بود در این دوره به شرح زیر بودند: آیت‌الله سید علی خامنه‌ای (رئیس‌جمهور)، میرحسین موسوی (نخست‌وزیر)، اکبر هاشمی‌رفسنجانی (رئیس مجلس)، سید عبدالکریم موسوی‌اردبیلی (رئیس شورای عالی قضائی)، محمدرضا توسلی (رئیس دفتر امام) - سید محمد موسوی‌خوئینی‌ها (دادستان کل کشور)، سید احمد خمینی (برای ارائه گزارش جلسات به امام)، فقهای شورای نگهبان (شش نفر).
دوره دوم مجمع در پایان جنگ تحمیلی در سال ۱۳۶۸ پس از بازنگری قانون اساسی در این قانون با وظایف احصاء شده در بندها و اصول ۱۱۰، ۱۱۱، ۱۱۲ و ۱۷۷ شکل گرفت. ترکیب اعضای مجمع طی دوره دوم که ریاست آن را هاشمی‌رفسنجانی بر عهده داشت، بر اساس حکم مورخ ۱۲ مهر ۱۳۶۸ حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به این شرح بود: روسای سه قوه مجریه (هاشمی‌رفسنجانی)، مقننه (مهدی کروبی و علی‌اکبر ناطق‌نوری) و قضائیه (محمد یزدی)، فقهای شورای نگهبان (شش نفر)، وزیر مربوطه (وزیری که موضوع مورد بحث مجمع مربوط به وی می‌شود)، رئیس کمیسیون مربوطه در مجلس شورای اسلامی (در صورتی که موضوع بحث در مجمع مربوط به وی شود)، و اعضای حقیقی (سید احمد خمینی، محمدرضا مهدوی‌کنی، یوسف صانعی، سید محمد موسوی‌خوئینی‌ها، محمدعلی موحدی‌کرمانی، حسن صانعی، محمدرضا توسلی‌محلاتی، عبدالله نوری و میرحسین موسوی).
دوره سوم مجمع که با افزایش اعضای حقیقی متشکل از شخصیت‌های عالی‌رتبه کشور در سال ۱۳۷۵ همراه بود، مجمع را وارد دوران جدیدی در جهت انجام کامل وظایف قانونی خود کرد. ترکیب اعضای مجمع در دوره سوم که باز هم هاشمی‌رفسنجانی رئیس آن بود بر اساس حکم مورخ ۲۷ اسفند ۱۳۷۵ به این شرح بود: ۱- شخصیت‌های حقوقی شامل روسای سه قوه مجریه (سید محمد خاتمی)، مقننه (علی‌اکبر ناطق‌نوری و مهدی کروبی) و قضائیه(محمد یزدی و سید محمود هاشمی‌شاهرودی)، فقهای شورای نگهبان (شش نفر) و وزیر یا رئیس دستگاهی که موضوع مورد بحث در مجمع مربوط به آن می‌شد، ۲- شخصیت‌های حقیقی: اکبر هاشمی‌رفسنجانی، محمدرضا مهدوی‌کنی، امینی نجف‌آبادی، عباس واعظ‌طبسی، احمد جنتی، محمد امامی‌کاشانی، حسن حبیبی، میرحسین موسوی، علی‌اکبر ولایتی، محمد محمدی‌ری‌شهری، حسن صانعی، حسن روحانی، سید محمد موسوی‌خوئینی‌ها، حبیب‌الله عسگراولادی، قربانعلی دری‌نجف‌آبادی، علی لاریجانی، سید مصطفی میرسلیم، محمدرضا توسلی، عبدالله نوری، مرتضی نبوی، سید حسن فیروزآبادی، غلامرضا آقازاده، بیژن نامدارزنگنه، محمد هاشمی، محسن نوربخش، محسن رضائی (دبیر مجمع).
دوره چهارم مجمع را می‌توان فعال‌ترین و سازمان‌یافته‌ترین دوران مجمع نام برد که در سال ۱۳۸۰ اعضای جدید آن طی حکم مقام معظم رهبری برای مدت پنج سال انتخاب شدند و هاشمی‌رفسنجانی همچنان رئیس مجمع بود. تنظیم و پیشنهاد سند چشم‌انداز ۲۰ ساله کشور و سیاست‌های کلی از جمله اقدامات مجمع در این دوره بود. ترکیب اعضای مجمع در دوره چهارم به این شرح بود: ۱- شخصیت‌های حقوقی: رؤسای سه قوه مجریه (سید محمد خاتمی و محمود احمدی‌نژاد)، مقننه (مهدی کروبی و غلامعلی حدادعادل) و قضائیه (سید محمود هاشمی‌شاهرودی)، فقهای شورای نگهبان (شش نفر)، وزیر یا رئیس دستگاهی که موضوع مورد بحث به آن دستگاه مربوط است، رئیس کمیسیون متناسب با موضوع بحث از مجلس شورای اسلامی، ۲- شخصیت‌های حقیقی: اکبر هاشمی‌رفسنجانی، علی امینی‌نجف‌آبادی، عباس واعظ‌طبسی، احمد جنتی، محمد امامی‌کاشانی، محمدعلی موحدی‌کرمانی، محمدرضا توسلی‌محلاتی، حسن حبیبی، حبیب‌الله عسگراولادی، میرحسین موسوی، علی‌اکبر ولایتی، محمد محمدی‌ری‌شهری، حسن صانعی، حسن روحانی، قربانعلی دری‌نجف‌آبادی، علی لاریجانی، سید مصطفی میرسلیم، مرتضی نبوی، سید حسن فیروزآبادی، غلامرضا آقازاده، بیژن نامدارزنگنه، محمد هاشمی، علی‌اکبر ناطق نوری، محمدرضا عارف، غلامعلی حداد عادل، مجید انصاری، حسین مظفر، محمدرضا باهنر، محمدجواد ایروانی و محسن رضایی (دبیر مجمع).
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در تاریخ ۸ اسفند ۱۳۸۵ در حکمی ترکیب جدید مجمع تشخیص مصلحت نظام را در دوره پنجم برای یک دوره پنج ساله دیگر معرفی کردند که هاشمی‌رفسنجانی باز هم ریاست مجمع را بر عهده داشت. اعضای دوره پنجم مجمع به شرح زیر بودند: ۱- شخصیت‌های حقوقی: رؤسای سه قوه مجریه (محمود احمدی‌نژاد)، مقننه (غلامعلی حدادعادل و علی لاریجانی) و قضائیه(سید محمود هاشمی‌شاهرودی و صادق آملی‌لاریجانی)، فقهای شورای نگهبان (شش نفر)، وزیر یا رئیس دستگاهی که موضوع مورد بحث به آن دستگاه مربوط است، رئیس کمیسیون متناسب با موضوع بحث از مجلس شورای اسلامی، ۲- شخصیت‌های حقیقی: اکبر هاشمی‌رفسنجانی، احمد جنتی، عباس واعظ‌طبسی، علی امینی‌نجف‌آبادی، غلامعلی حدادعادل، محمد امامی‌کاشانی، محمدعلی موحدی‌کرمانی، حسن حبیبی، میرحسین موسوی، علی‌اکبر ولایتی، قربانعلی دری‌نجف‌آبادی، محمد محمدی‌ری‌شهری، حسن صانعی، حسن روحانی، حبیب‌الله عسگراولادی، علی لاریجانی، محمدرضا باهنر، مجید انصاری، سید مصطفی میرسلیم، محمدرضا توسلی‌محلاتی(در ۲۷ بهمن ۱۳۸۶ درگذشت)، سید مرتضی نبوی، علی‌اکبر ناطق‌نوری، سید حسن فیروزآبادی، غلامرضا آقازاده، بیژن نامدارزنگنه، محسن رضایی، حسین مظفر، محمد هاشمی، محمدرضا عارف، محمدجواد ایروانی، پرویز داودی، غلامحسین محسنی‌اژه‌ای، علی آقامحمدی، محمد فروزنده، داود دانش جعفری و محسن رضایی (دبیر مجمع).
ترکیب اعضای دوره ششم مجمع که با حکم رهبر انقلاب در ۲۴ اسفند ۹۰ منصوب شدند و هاشمی‌رفسنجانی برای آخرین بار ریاست آن را بر عهده داشت به شرح زیر بودند (در این دوره دبیر شورایعالی امنیت ملی هم به اعضای حقوقی مجمع اضافه شد) : ۱- شخصیت‌های حقوقی: رؤسای سه قوه مجریه (محمود احمدی‌نژاد و حسن روحانی)، مقننه (علی لاریجانی) و قضائیه (صادق آملی‌لاریجانی)، فقهای شورای نگهبان (شش نفر)، دبیر شورایعالی امنیت ملی (سعید جلیلی و علی شمخانی)، وزیر یا رئیس دستگاهی که موضوع مورد بحث به آن دستگاه مربوط است، رئیس کمیسیون متناسب با موضوع بحث از مجلس شورای اسلامی، ۲- شخصیت‌های حقیقی: اکبر هاشمی‌رفسنجانی (در ۱۹ دی ۹۵ درگذشت)، احمد جنتی، عباس واعظ‌طبسی، علی امینی‌نجف‌آبادی، سید محمود هاشمی‌شاهرودی، محمدعلی موحدی‌کرمانی، علی‌اکبر ناطق‌نوری، حسن صانعی، حسن روحانی، قربانعلی دری‌نجف‌آبادی، غلامحسین محسنی‌اژه‌ای، محمود محمدی‌عراقی، غلامرضا مصباحی‌مقدم، مجید انصاری، غلامرضا آقازاده، علی آقامحمدی، محمدجواد ایروانی، محمدرضا باهنر، غلامعلی حدادعادل، حسن حبیبی (در ۱۲ بهمن ۱۳۹۱ درگذشت)، داود دانش‌جعفری، پرویز داودی، محمدحسین صفارهرندی، حبیب‌الله عسگراولادی (در ۱۴ آبان ۱۳۹۲ درگذشت)، محمدرضا عارف، محمد فروزنده، سید حسن فیروزآبادی، حسین مظفر، حسین محمدی، سید مصطفی میرسلیم، سید مرتضی نبوی، علی‌اکبر ولایتی، صادق واعظ‌زاده، احمد وحیدی و محسن رضایی (دبیر مجمع).
رهبر معظم انقلاب اسلامی پس از درگذشت اکبر هاشمی‌رفسنجانی رئیسی که ۲۷ سال ریاست مجمع را بر عهده داشت در ۲۳ مرداد ۹۶ در حکمی رئیس، دبیر و اعضای دوره هفتم مجمع تشخیص مصلحت نظام را با ریاست سید محمود هاشمی‌شاهرودی برای یک دوره پنج‌ساله منصوب کردند. در بخشی از متن حکم حضرت آیت‌الله خامنه‌ای برای دوره هفتم مجمع آمده بود: خداوند علیم و قدیر را سپاس می‌گویم که با کمک و هدایت خود، مجمع تشخیص مصلحت را بر ادای وظائف خطیر آن موفق فرمود و این نهاد قانونی در بیش از ربع قرن توانست نقشی اثرگذار در اداره کشور داشته باشد. لازم می‌دانم از همه اعضای و کارگزاران این نهاد تشکر کنم و یاد درگذشتگان این مجموعه را گرامی بدارم، مخصوصاً جناب آقای هاشمی‌رفسنجانی که از استوانه‌های سیاسی کشور بودند و سال‌ها مسئولیت سنگین ریاست این مجمع را برعهده داشتند، و نیز جناب حجت‌الاسلام والمسلمین آقای طبسی و جناب آقای عسگراولادی و جناب دکتر حسن حبیبی رحمة‌الله‌علیهم. اکنون با آغاز دوره‌ی جدید این نهاد، به حکم تجربه‌های ارزنده‌ی موجود، تغییراتی در ساختار و محتوا ضروری می‌نماید که عمدتاً عبارت است از: - سامان بخشیدن به مجموعه‌ی سیاست‌های کلّی و بازنگری در عناوین و نیز در فرآیند تعیین و تنظیم آن، سامان بخشیدن به مسأله‌ی نظارت بر اجرای سیاست‌ها، سازوکار لازم برای ارزیابی کارآمدی و اثربخشی سیاست‌ها، ایجاد انسجام کامل در ساختار تشکیلاتی و مدیریتی و تمرکز برنامه‌ها بر اساس آئین‌نامه‌ی مصوّب، چابک‌سازی تشکیلات و حذف بخش‌های موازی و غیر ضرور. به جز اینها تغییرات اصلاحی دیگری نیز در خلال کار و در سایه دقّت نظر دست‌اندرکاران و انعطاف‌پذیری تشکیلات، لازم خواهد نمود و به کار گرفته خواهد شد ان‌شاءالله.
در این دوره رئیس ستاد کل نیروهای مسلح هم به اعضای حقوقی مجمع اضافه شد. ترکیب اعضای دوره هفتم مجمع به شرح زیر بود: ۱- اشخاص حقوقی: رؤسای محترم سه قوه مجریه (حسن روحانی)، مقننه (علی لاریجانی) و قضائیه(صادق آملی‌لاریجانی)، فقهای شورای نگهبان (شش نفر)، رئیس ستاد کل نیروهای مسلّح (محمدحسین باقری)، دبیر شورایعالی امنیت ملی (علی شمخانی)، وزیر یا رئیس دستگاهی که موضوع مورد بحث به آن دستگاه مربوط است، رئیس کمیسیون متناسب با موضوع بحث از مجلس شورای اسلامی، ۲- اشخاص حقیقی: محمود هاشمی‌شاهرودی، احمد جنتی، علی امینی‌نجف‌آبادی، محمدعلی موحدی‌کرمانی، علی‌اکبر ناطق نوری، حسن صانعی، غلامحسین محسنی‌اژه‌ای، محسن مجتهدشبستری، سید ابراهیم رئیسی، قربانعلی دری نجف‌آبادی، محمود محمدی‌عراقی، مجید انصاری، غلامرضا مصباحی‌مقدم، غلامرضا آقازاده، علی آقامحمدی، محمود احمدی‌نژاد، محمدجواد ایروانی، محمدرضا باهنر، احمد توکلی، سعید جلیلی، غلامعلی حدادعادل، داود دانش‌جعفری، پرویز داودی، سید محمد صدر، محمدحسین صفارهرندی، محمدرضا عارف، محمد فروزنده، سید حسن فیروزآبادی، محمدباقر قالیباف، حسین محمدی، حسین مظفر، سید مصطفی میرسلیم، سید محمد میرمحمدی، سید مرتضی نبوی، علی‌اکبر ولایتی، صادق واعظ‌زاده، احمد وحیدی و محسن رضایی (دبیر مجمع).
به نظر می‌رسد پس از درگذشت هاشمی‌رفسنجانی ریاست مجمع طلسم شده است. ریاستی که موحدی‌کرمانی موقتا بر عهده گرفت به هاشمی‌شاهرودی رسید، اما بیماری او باعث شد تا ریاست دوباره موقتا به موحدی‌کرمانی برسد و حالا هم طبق گفته محسن رضایی ریاست مجمع تا بازگشت هاشمی‌شاهرودی و با حضور موحدی‌کرمانی و احمد جنتی در مجمع میان این دو دست به دست خواهد شد.
