نبرد با حکومت شیعی ایران موجب شد تا شکاف شیعه و سنی و درنتیجه منازعات مذهبی در جامعه عراق تقویت شود. به همین دلیل و برای پرهیز از شورش گسترده شیعیان، صدام بیشتر بر تقابل عرب و عجم در این جنگ تأکید می‌کرد و از پررنگ کردن تفاوت‌های مذهبی ابا داشت
جنگ با ایران که به تازگی صاحب نخستین حکومت شیعی در جهان شده بود، برای شیعیان عراق ناگوار بود. این اتفاق باعث شد که شیعیان این کشور که پس از انقلاب اسلامی تحت رهبری علمایی چون آیت‌الله سید محمدباقر صدر و حکیم به انقلاب اسلامی ایران و حکومت آن گرایش یافته بودند در قالب «مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق» در مقابل حزب بعث قرار بگیرند.
با آغاز فعالیت این مجلس از سال ۱۹۸۲ دولت عراق واکنش شدیدی نشان داد و در مه ۱۹۸۳ (۱۳۶۲) به اعدام نزدیکان آیت‌الله حکیم پرداخت. این امر موجب شد تا این گروه برای پیشبرد اهداف مذهبی خود به اقدامات چریکی متوسل شوند و از این منظر مجلس اعلا به نماد مخالفان شیعی بدل شود.
نبرد با حکومت شیعی ایران موجب شد تا شکاف شیعه و سنی و درنتیجه منازعات مذهبی در جامعه عراق تقویت شود. به همین دلیل و برای پرهیز از شورش گسترده شیعیان، صدام بیشتر بر تقابل عرب و عجم در این جنگ تأکید می‌کرد و از پررنگ کردن تفاوت‌های مذهبی ابا داشت.
اعضای شورای مرکزی
شورای مرکزی بالاترین مقام تصمیم‌گیری «مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق» است. این شورا از تعدادی شخصیت مهم جریان مخالف رژیم صدام تشکیل شده است. برخی از اعضای شورای مرکزی اولین دوره مجلس عبارتند از: سید محمدباقر و سیدعبدالعزیز حکیم، مرحوم «سید محمود هاشمی شاهرودی»، شیخ محمد مهدی آصفی، سیدحسین صدر، سید محمد تقی مدرسی و...»
ریاست مجلس اعلا
در آغاز تأسیس این مجلس، همان طوری که گفته شد مرحوم سید محمود هاشمی شاهرودی که متولد ۱۳۲۴ شمسی در شهر نجف بود، ریاست آن را بر عهده داشت. اما مدتی بعد آیت‌الله محمد باقر حکیم که متولد ۱۳۲۱ شمسی از نجف بود به ریاست آن برگزیده شد. ولی متأسفانه آن بزرگوار در اول رجب ۱۴۲۴ هجری قمری مصادف با ۷ شهریور ۱۳۸۲ بر اثر انفجار بمب بعد از اقامه نماز جمعه در نجف به شهادت رسید و برادرش عبدالعزیز حکیم ریاست این مجلس را بر عهده گرفت و. بعد از رحلت ایشان سید عمار حکیم ریاست مجلس اعلاء را عهده دار شد.
در حقیقت هدف تشکیل مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق، نجات مردم این کشور از اختناق و استبداد رژیم بعثی عراق و تأسیس حکومتی بر اساس رأی و مشارکت همه مردم اعلام شده است. مجاهدان عراقی وابسته به مجلس اعلا در زمان جنگ همراه با نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران ضرباتی بر رژیم دیکتاتوری بعث وارد کردند و این مجلس پس از جنگ نیز بزرگترین گروه اسلامی مخالف رژیم بغداد در عرصه‌های سیاسی، فرهنگی و نظامی بوده است.
راهبرد اصلی مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق، استفاده از نیروی مردم مسلمان و بدنه ارتش این کشور برای قیام نهایی بر ضد نظام فاسد و استبدادی حاکم بر عراق بود. این مجلس پس از فروپاشی رژیم صدام در فروردین ۱۳۸۲، فعالیت‌های خود را در داخل کشور عراق متمرکز کرد.
مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق و ورود به فاز مسلحانه
مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق پیش از آغاز جنگ تحمیلی عراق علیه ایران،بر اصلاح ناپذیری رژیم بعث حاکم بر عراق تأکید ورزید و ناگزیر به اتخاذ مشی مسلحانه شد. در آغاز جنگ مبادرت به تأسیس واحد نظامی در مناطق شمالی عراق که از کنترل نیروهای عراقی خارج می‌شد کرد و واحدهای عملیاتی خود را در آنجا مستقر کرد. از این زمان درون چارت تشکیلاتی و سازمانی مجلس اعلا واحد نظامی، لحاظ شد. این واحد موظف به سازماندهی نیروهای داوطلب عراقی و همچنین برخی از اسرای عراقی بود که حاضر به جنگ با رژیم صدم شده بودند.
این عده در مناطقی از شمال عراق در حومه مریوان و مشخصا اطراف شهرهای سیدصادق، خرمال، حلبچه، همچنین حاج عمران، قره داغ یا مناطقی چون «ام النعاج» و دیگر بخش‌ها در شمال بصره مستقر شدند و داخل خاک عراق دست به عملیات ایذایی کردند.
سپاهی متشکل از مجاهدان عراقی
«سپاه بدر» ابتدا یک گردان بود که پس از آن استعداد نیروهایش به تیپ رسید و سپس به لشکر و دست آخر پس از جنگ دوم خلیج فارس و آزادسازی کویت موسوم به سپاه شد. سپاه بدر دارای پایگاه‌هایی است که در آن‌ها به آموزش نیروهای عراقی پرداخته می‌شود. سپاه بدر در جریان انتفاضه ماه شعبان به سال ۱۹۹۱ بسیار فعال ظاهر شد و در مناطقی چون عتبات عالیات و مشخصا شهرهای کربلا و نجف، همچنین بصره ابتکار عمل را به دست گرفت. سال ۲۰۰۳ پس از فروپاشی رژیم بعث و بازگشت مجلس اعلی به عراق، سپاه بدر به «سازمان بدر (منظمه بدر)» تغییر نام داد.
فعالیت این سازمان بیشتر سیاسی واجتماعی بود. سپس در سال ۲۰۱۲ سازمان بدر از مجلس اعلا جدا شد و به عنوان یک سازمان مستقل به فعالیت خود ادامه داد.
پس از حمله داعش به عراق سازمان بدر نیروهایی را در قالب حشد الشعبی به جبهه‌ها فرستاد و در بسیاری از عملیات‌های مهم شرکت کرد
