امیر قلعه‌نویی سالیان سال به عنوان یک مربی شکست‌ناپذیر در برابر پرسپولیس شناخته می‌شد ولی این مربی در دوره‌های اخیر این رکورد خود را از دست داده است اما این شکست‌ناپذیری منحصر به رقابتهای لیگ بوده و در جام حذفی مقابل پرسپولیس تسلیم محض بوده است.
امیر قلعه‌نویی در روزهای نخست مربیگری خود، هدایت برق تهران را بر عهده گرفت و در جام حذفی مانع بلندی برای پرسپولیس ایجاد کرد. این دیدار در ۹۰ دقیقه به تساوی انجامید ولی در وقت اضافه پرسپولیس توانست با نتیجه ۳ بر ۲ شاگردان قلعه‌نویی را از پیش رو بردارند.
دومین جدال ژنرال و پرسپولیس با جام حذفی سال ۹۰-۱۳۸۹ باز می‌گردد که امیر قلعه‌نویی پس از قهرمانی در لیگ به دیدار پرسپولیس رفت. این بازی در پایان وقت قانونی و اضافه گلی نداشت و در ضربات پنالتی پرسپولیس موفق به غلبه بر حریف شد.
در آخرین تقابل قلعه‌نویی و پرسپولیس در جام حذفی پرسپولیس با گلی که در آخرین دقایق وقت اضافه به ثمر رساند توانست فینالیست جام حذفی شود.این تنها پیروزی پرسپولیس مقابل قلعه‌نویی در خارج از تهران محسوب می‌شود.
قلعه‌نویی به عنوان بازیکن نیز با پیراهن استقلال در جام‌حذفی با پرسپولیس دیدار داشته و در سال ۶۷ ، پس از تساوی بدون گل در پایان وقت اضافه، پرسپولیس با نتیجه ۴ بر ۲ پیروزی رسید.یکی از پنالتی‌های استقلال در این بازی توسط امیر قلعه‌نویی به هدر رفت.
سرنوشت هیچ کدام از جدال‌های قلعه‌نویی و پرسپولیس در نود دقیقه مشخص نشده است و در تمام این بازیها، پرسپولیس پیروز میدان بوده است.
