سید حسن خمینی در رابطه با تحولات اخیر افغانستان و تصرف خاک این کشور توسط نیروهای طالبان، نوشت: «تاریخ این سرزمین درد و رنج نشان داده است که هم زبان های دردمند ما، هم چون ققنوس، از خاکستر خود بر خواهند خاست.»
حجت الاسلام و المسلمین سید حسن خمینی در صفحه اینستاگرام خود نوشت: «چنانکه اهل فن می گویند، آنچه در افغانستان در جریان است، بیش از هر چیز معلول «فقر و جهل و ناامنی افسار گسیخته»، «فساد حاکمان »، «نا امیدی مردم نسبت به حاکمان نالایق»، «بی مسئولیتی جهانی» و «سر درگمی و خودمحوری و تبانی اشغالگران» است.
و در چنین آشفتگی سراسر وحشتی، آنانکه می سوزند و سنگ زیرین آسیاب هستند، مردم مظلوم افغانستان هستند.
اما تاریخ این سرزمین درد و رنج نشان داده است که هم زبان های دردمند ما، هم چون ققنوس، از خاکستر خود بر خواهند خاست.
دیر یا زود افغانستان باز هم خواهد ایستاد.
و تا آن روز، بیایید همه در کنار ایشان باشیم.»
