همزمان با بروز بحران در روابط باکو با بروکسل، جمهوری آذربایجان روز چهارشنبه ۴ بهمن اعلام کرد که همکاری خود با مجمع پارلمانی شورای اروپا (PACE) را به حالت تعلیق درمی‌آورد.
این تصمیم دو روز پس از آن گرفته شد که فرانک شوابه، معاون آلمانی مجمع پارلمانی اتحادیه اروپا، اعتبارنامه هیئت جمهوری آذربایجان را در روز افتتاحیه اجلاس زمستانی ۲۰۲۴ مجمع نمایندگان پارلمان اروپا به چالش کشید و از به رسمیت شناختن اسناد هویتی آنها خودداری کرد.
با این تصمیم، هیئت نمایندگی جمهوری آذربایجان دست‌کم به مدت یک سال از مجمع پارلمانی شورای اروپا که نهاد قانون‌گذاری شورای اروپا است، اخراج شده و در این مدت تنها در صورت انجام تعهدات خود می‌تواند با این مجمع بازگردد.
آقای شوابه به‌طور خاص در مورد وضعیت زندانیان سیاسی در جمهوری آذربایجان ابراز نگرانی کرده و به «آوارگی خشونت‌آمیز» اهالی قره‌باغ کوهستانی نیز پس از بازپس‌گیری این منطقه توسط نیروهای این کشور نیز اشاره کرده است.
درپی بازپس‌گیری قره‌باغ کوهستانی توسط ارتش جمهوری آذربایجان در سپتامبر ۲۰۲۳، بیش از ۱۰۰ هزار سکنه ارمنی این منطقه گریختند.
نماینده آلمان مجمع پارلمانی شورای اروپا همچنین خاطرنشان کرد که در سال ۲۰۲۳ دست کم سه بار به گزارشگران این مجمع اجازه بازدید از جمهوری آذربایجان داده نشده است.
در واکنش به این انتقادات، هیئت آذربایجانی در مجمع پارلمانی شورای اروپا، این مجمع را به «نژادپرستی، آذربایجان‌هراسی، اسلام‌هراسی» متهم کرد و نوشت که «فساد سیاسی، تبعیض، نفرت قومی و مذهبی، استانداردهای دوگانه، تکبر و شوونیسم به رویه غالب در مجمع نمایندگان تبدیل و فضای آن غیرقابل تحمل شده است».
در حالی که ارمنستان و جمهوری آذربایجان در تلاش برای عادی‌سازی روابط هستند، الهام علی‌اف رئیس‌جمهور آذربایجان، روز ۱۰ ژانویه پیشنهاد ارمنستان برای استفاده از نقشه‌های دوران شوروی برای ترسیم مرزها را رد کرد و مدعی شد که اراضی این جمهوری توسط مقامات شوروی به ارمنستان تحویل داده شده است.
جوزپ بورل، مسئول سیاست خارجی اتحادیه اروپا در ۲۲ ژانویه از «ادعاهای سرزمینی» علی‌اف انتقاد کرد و هشدار داد که نقض تمامیت ارضی ارمنستان، «عواقب سختی» برای باکو در پی خواهد داشت.
روز بعد، وزارت امور خارجه جمهوریآذربایجان گفت که اظهارات بورل به منزله «تعبیر نادرست و فاحش از حقایق» است و دیپلمات ارشد اتحادیه اروپا را به «لفاظی‌های تهدیدآمیز» متهم کرد.
