وقتی پای معماری مساجد به میان می‌آید، پیش از هر چیز، گنبد آبی و گلدسته‌هایی را به خاطر می‌آوریم که رو به آسمان بالا رفته‌اند. اما از زمانی که عصر مدرن آغاز شده، معماری نیز به قلمروهای جدیدی گام نهاده و اشکال سنتی را دستخوش تغییر و تحول نموده است. معماری مساجد نیز از این قاعده مستثنی نبوده و متأثر از معماری مدرن، جامه‌ای نو به تن کرده است.
سه سال بعد از بنیان نهاده شدن دانشگاه مطالعات اسلامی قطر، درهای اولین مسجد این مجموعه به صورت رسمی به روی نمازگزاران باز شد. اما چیزی که این مسجد را تا حد زیادی متفاوت از دیگر بناهای این چنینی کرده، معماری و ساختار ویژه و منحصر بفرد آن است.
همانگونه که اشاره کردیم، ساختار سنتی مساجد چیزی به مراتب متفاوت‌تر از آن چیزی است که در معماری و خصوصیات این بنا نمود یافته است. شاید در نگاه اول، تصوّر این که این سازهی بزرگ سفید رنگ یک مسجد باشد، تا حدی دشوار و دور از حقیقت به نظر برسد؛ ساختاری که بیش از هر چیز شبیه به سفینه‌ی فضایی غول پیکری است که گویی قصد برخاستن از زمین را دارد. نه مناره و نه گنبد آن، شباهت چندانی با آن چه که از معماری سنتی مساجد در ذهن داریم نداشته و از این رو، نمای کلی آن حیرت‌انگیز و قابل‌تأمل است.
در مجموع می‌توان گفت که این سازهی بزرگ غار مانند، دارای نشانه‌های مذهبی و اسلامی فراوانی است. از جمله حکاکی آیه‌های قرآن در ابعاد بزرگ که روی سقف این سازه، خودنمایی می‌کنند. همچنین این سقف مرتفع، دارای صدها نقطه‌ی کوچک و درخشان است که ستاره‌های چشمک زن آسمان شب را تداعی می‌کنند. این سازه با احتساب بخش‌های داخلی و حیاط بیرونی، در کل توانایی میزبانی 1.800 نمازگزار را داراست.
مناره‌های متفاوت این مسجد به شکل 90 درجه تاخورده و رو به سوی شهر مکّه قرار گرفته‌اند. خطاطی‌هایی با مضمون آیات قرآنی هر گوشه از این مسجد را آراسته‌اند، از بام تا ستون‌های زیرین؛ کاشی‌های سرامیک و پنجره‌های شیشه‌ای، همگی نقش و نگاری بر خود دارند.
محل نمازخانه‌ی مردان در طبقه اول این سازه قرار گرفته است؛ ضمن آنکه یک کتابخانه‌ی بزرگ و محراب طلایی باشکوهی نیز در این قسمت واقع شده که با آیه‌ای از قرآن مزیّن گشته است.
نمازخانه‌ی بانوان نیز در طبقه‌ی دوم قرار گرفته و با بخشی برای جمع شدن نمازگزاران تکمیل شده است. این بخش به وسیله‌ی دیواری بلند از نمازخانه‌ی اصلی مجزا و زمینه‌ی جدا شدن نمازگزاران زن و مرد را از یکدیگر فراهم نموده است.
نمادهای دین اسلام به شکلی هنرمندانه در ساخت و فضاسازی این بنا به کار گرفته شده و نمود یافته‌اند. مسجد دانشگاه مطالعات اسلامی بر پنج ستون بزرگ و مستحکم استوار شده که با آیاتی از قرآن تزئین شده‌اند. این پنج ستون به صورت ضمنی به اصول دین اسلام اشاره دارند. به علاوه در بخش زیرین این بنا 4 رود جاری است که در ادامه و در فضای سبز و باغ‌های اطراف مسجد جریان یافته و نماد نهرهای شیر، آب و عسلی است که در قرآن به بهشتیان وعده داده شده است. همچنین خود این باغ‌ها به نوعی یادآور بهشت هستند.
درست در کنار مسجد، ساختمان دانشگاه قرار گرفته که هم اکنون مسئول آموزش 114 دانشجو در زمینه‌ی مطالعات اسلامی را برعهده دارد. در مجموع 54 کلاس درس در این بنا جای گرفته و دارای بخش‌های اداری، کتابخانه و فضاهای کوچک مطالعاتی است.
کتابخانه دانشگاه که در طبقه‌ی اول واقع شده، ظرفیت نگهداری و ارائه‌ی صد هزار عنوان کتاب را داراست.
همچنین این دانشگاه دارای 5 مرکز مطالعاتی است: مرکز "Al Qardawi" که اسلام میانه رو و متجدد را مورد بررسی و پژوهش قرار می‌دهد، مرکزی برای مطالعه اقتصاد و سرمایه‌گذاری جوامع مسلمان، مرکز مطالعات جوامع اسلامی معاصر و مرکز محمد بن حمد آل ثانی که بر همکاری کشورهای مسلمان متمرکز شده است. در کنار مراکز فوق، پژوهشکده‌ای نیز در زمینه وضع قوانین و اخلاق اسلامی مشغول به فعالیت است.
