در شامگاه هجدهم تیرماه ۱۳۷۸ دانشجویان دانشگاه تهران در خوابگاه کوی دانشگاه در اعتراض به بسته شدن روزنامه سلام تجمع کردند. این روزنامه سه روز پیش از آن و به جرم انتشار نامه محرمانه سعید امامی به قربانعلی دری نجف‌آبادی وزیر اطلاعات وقت که مفاد قانون جدید مطبوعات را توصیه می‌کرد، توقیف شده بود. نیروی انتظامی برای مقابله با تجمع دانشجویان وارد کوی شد. آتش درگیری‌ها آن‌جایی شعله‌ورتر شد که لباس‌شخصی‌ها نیز به داخل کوی و خوابگاه‌های دانشجویی هجوم بردند و ضمن تخریب اموال دانشجویان آنان را مورد ضرب و شتم قرار دادند.
به گزارش «انتخاب»؛ به دنبال این حادثه دکتر معین وزیر فرهنگ و آموزش عالی وقت در اعتراض به هتک حرمت به دانشجویان وقت استعفای خود را تقدیم رئیس‌جمهور خاتمی کرد. سرویس سیاسی روزنامه اطلاعات در تاریخ شنبه ۱۹ تیرماه ۱۳۷۸ در توضیح خبر استعفای وی نوشت: دکتر مصطفی معین، وزیر فرهنگ و آموزش عالی در پی حوادث کوی دانشگاه تهران و ....، از سمت خود استعفا داد. متن استعفای وزیر فرهنگ و آموزش عالی خطاب به رئیس‌جمهوری به این شرح بود:
جناب حجت‌الاسلام والمسلمین سید محمد خاتمی
ریاست محترم جمهوری اسلامی ایران
با اهدای سلام و درود
احتراما به استحضار می‌رساند وقوع حادثه تاسف‌بار ورود نیروی انتظامی به کوی دانشجویان دانشگاه تهران و ضرب و شتم دانشجویان مظلوم و بی‌گناه در نیمه‌شب جمعه ۱۸ تیرماه جاری که منجر به هتک حرمت دانشگاه و حیثیت دانشجویان و دانشگاهیان گردید، قابل قبول بر اساس هیچ مبنا و مصلحتی نیست. اینجانب این حادثه را اقدامی مشکوک در جهت به آشوب کشیدن جامعه و اخلال در روند توسعه سیاسی و تصعیف نظام جمهوری اسلامی می‌دانم از آن‌جا که علی‌رغم تلاش‌های فراوان از نیمه شب گذشته برای کنترل و مهار این اقدام‌ها، هیچ ثمری بر آن مترتب ندیدم، لذا به دلیل پاسخ‌گو نبودن در برابر وظایف الهی مسئولیت‌‌های قانونی و مظلومیت و بی‌پناهی فرزندان ملت و خانواده‌های نگران آن‌ها و آثار و پیامدهای ناگوار این قانون‌شکنی‌های خشونت‌گرایانه و آشوب‌طلبانه استعفای خود را از مسئولیت وزارت فرهنگ و آموزش عالی تقدیم می‌دارم. از خداوند بزرگ صبر و توفیق جناب‌عالی را در این شرایط حساس برای پاسداری از میراث‌های گران‌قدر انقلاب اسلامی و نظام برآمده از خون شهیدان مسألت دارم. با تشکر و آرزوی توفیق الهی، دکتر مصطفی معین، وزیر فرهنگ و آموزش عالی
