علی مطهری در یادداشتی با عنوان «رویه باطل در بررسی صلاحیت‌ها»، که در اختیار ایسنا قرار داد، نوشت: «شنیدم به استناد بند ۲ ماده ۲۸ قانون انتخابات مجلس،برای دوره یازدهم رد صلاحیت شده‌ام.
بند ۲ که یکی از شرایط کاندیداها را بیان می‌کند می‌گوید: التزام عملی به نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران.
هرچه فکر کردم کجا من التزام عملی به نظام جمهوری اسلامی نداشته‌ام چیزی به خاطرم نیامد. احتمالا مفهومشان از "نظام" رهبری نظام است.
اگر در جایی من نظری غیر از نظر رهبری داشته‌ام-که داشته‌ام- این عین خواست خود مقام رهبری است که چندبار، از جمله در دیدار با دانشجویان گفتند ممکن است کسی نظری مخالف نظر من داشته باشد، باید آزاد باشد که حرفش را بزند. بنابراین، این نگاه هیئت‌های نظارت که زیر مجموعه شورای نگهبان هستند با نگاه مقام رهبری مغایر است و باید دست از این کارهایشان بردارند.
این که من اعتراض بکنم یا نکنم و اگر اعتراض کردم تایید بشوم یا نشوم، مهم نیست، مهم این است که بعد از ۴۱ سال از انقلاب اسلامی این رویه‌های باطل باید منسوخ شود.»
