مکتب ملاصدرا که حکمت متعالیه نامیده می شود، بر اصل «وجود» و تمایز آن از «ماهیت» استوار است. پیش از ملاصدرا فیلسوفان قادر به فهم تفاوت این دو نبودند، اما ملاصدرا مرز این دو مفهوم را به خوبی روشن کرد. بنابر دیدگاه او، بدیهی ترین مساله جهان، مساله وجود یا هستی است که ما با علم حضوری و دریافت درونی خود آن را درک کرده و نیازی به اثبات آن نداریم اما ماهیت آن چیزی است که سبب گوناگونی و تکثر پدیده ها می شود و به هر وجود قالبی ویژه می بخشد.

به گزارش پایگاه اطلاع رسانی و خبری جماران، مرتضی اشراقی در مطلبی که در روزنامه اعتماد منتشر کرده در باب خداوند از دیدگاه ملاصدرا آورده است: همه پدیده های جهان در یک اصل مشترکند که همان «وجود» نام دارد و وجود یگانه است زیرا از هستی بخش (یعنی خداوند یگانه) سرچشمه گرفته، اما ویژگی های هر یک از این پدیده ها از تفاوت میان ذات و ماهیت آنها حکایت دارد. برابر این دیدگاه، اصل بر وجود اشیاء است و ماهیت معلول وجود به شمار می آید.

ملاصدرا در مخالفت با استادش میرداماد که خود پیرو سهروردی بود، مدعی شد که «وجود» امری حقیقی است و ماهیت امری اعتباری. صدرا درباره حرکت نیز نظریه جدیدی عرضه کرد که به حرکت جوهری مشهور است. ملاصدرا در پرتو این نظریه، تفسیر فلسفی نوینی از حرکت ارائه می دهد که اساسا با تبیین فلسفی ارسطو و ابن سینا متفاوت است. دفاع ایشان از حرکت در جوهر و اثبات ناآرامی و بی ثباتی نهادی در بنیان همه کائنات مادی آنچنان عمیق و قابل توجه است که هنوز هم جای پژوهش و ژرف اندیشی در آن وجود دارد. این اصل، بنیاد جهان بینی ملاصدرا را تشکیل می دهد. در پرتو این اصل است که وی تبیین فلسفی نوینی از مسائل دقیق طبیعی و مابعدالطبیعی از جمله حدوث زمانی عالم، رابطه میان ثابت و متغیر، خلق عالم، آفرینش مستمر، ارتباط نفس و بدن، معاد جسمانی و مسائل مربوط به معاد را ارائه می دهد.

این اصل را باید به عنوان یک نظریه جامع و وحدت بخش که از مبدا و معاد حکایت می کند به منزله یکی از ویژگی های اساسی و ممتاز نظریه پردازی ملاصدرا به شمار آورد. حکیمان تا قبل از طلوع نظریه حرکت جوهری، عموما بر این مطلب متفق بودند که حرکت و تحول در جوهر یک شیء امری نامعقول و امکان ناپذیر است اما ملاصدرا صریحا و شجاعانه بر اثبات حرکت جوهری اصرار ورزید و حرکت را چیزی جز تجدید و تجدد مداوم عالم در هر لحظه نمی داند و به این نتیجه می رسد که نه تنها اعراض، بلکه خود جوهر عالم هم همواره در حرکت و نوآفرینی است. ابن سینا در کتاب شفا با صراحت غیرقابل تاویلی به نفی حرکت جوهری پرداخته و آن را ناممکن می داند.

از نظر وی چیزی که موهم حرکت ممتد جوهری است در واقع فاقد امتداد، بلکه امری منقطع و پر از فواصل است که تحت تصرف نیرویی خارج از قلمرو طبیعت قرار دارد. از نظر او خلقت انسان به این صورت نیست که صورت های مختلف نطفه، علقه مضفه و غیره به صورت یک حرکت ممتد و مداوم در خارج تحقق پیدا کند، بلکه به این صورت است که حرکات کمی و کیفی ماده را برای قبول صورت مستعد می سازد و در لحظه یی که قابلیت قبول به نقطه کمال خود می رسد واهب الصور آن را افاضه می کند پس حرکت در جوهر نیست چون صور جوهری، محصول حرکت نبوده بلکه مخلوق اراده خالقی از سیر درونی طبیعت است.

درست در همین جاست که فلسفه ابن سینا و اساسا تفکر فلسفی مسلمین از فلسفه ارسطو جدا می شود. ابن سینا فاعلیت خدا را از نوع فاعلیت ایجاد می داند. او در شفا سعی دارد تبیینی فلسفی از تمایز میان فاعل طبیعی و فاعل الهی ارائه دهد. در فلسفه ملاصدرا، حرکت طبیعی ارسطویی و تغییر دفعی یک جوهر به جوهر دیگر که ابن سینا آن را همراه باتغییر تدریجی پذیرفته و از آن به کون و فساد تعبیر کرده است جای خود را به حرکت جوهری «وجودی» می دهند که از منبع فیض الهی که دائم الفیض است نشات می گیرد.

البته با توجه به اینکه منبع فیض ایجاد حرکت نمی کند بلکه موجد صور دائمی به هم پیوسته یی است که نفس حرکت ثمره آن است. صدرالمتالهین با صراحت اظهار می دارد که تحریک در حرکت جوهری این نیست که محرک به چیزی حرکت دهد، بلکه تحریک همان ایجاد و آفرینش است که محرک در آن موجد چیزی است که ذات آن سیلان است. در واقع طبق حرکت جوهری، حرکت و متحرک در خارج یک چیزند که همان وجود گذرا و سیال است و سیال بودن و گذرا بودن حرکت، لازم وجود متحرک است. پس حرکت، ذاتی متحرک است و متحرک قطع نظر از حرکت هویتی ندارد و به این ترتیب نیست که حرکت در مرحله بعد از تحقق به آن ملحق شود بلکه حرکت از حاق وجودش انتزاع می شود به طوری که نحوه وجود، نحوه سیلانی است لذا نیازمند علتی جداگانه نیست، بلکه جعل وجود متحرک، جعل حرکت هم هست. بنابراین ملاصدرا تمام حرکت را در محور وجود مطرح می کند و به قدرت الهی برمی گرداند.